L’histoire du Musée Matisse de Nice est étroitement liée au profond attachement d’Henri Matisse pour Nice, cité dans laquelle il réalisa la plus grande partie de son œuvre, ainsi qu’à celle des donations successives faites à la Ville par l’artiste lui-même et ses héritiers.

Lorsque en 1950, la Ville de Nice acquiert la villa Garin de Cocconato, également appelée villa des Arènes à deux pas de la résidence du maître, au Regina, l’idée fit son chemin d’en faire un lieu où seraient présentées à la fois les donations faites par le peintre lui-même ainsi que celles de ses héritiers.

C’est ainsi que le 5 janvier 1963 est inauguré le Musée Matisse de Nice en présence de nombreuses personnalités du monde de la culture et de l’art. Les œuvres sont alors présentées au premier étage de la villa, le rez-de-chaussée étant occupé par le Musée d’Archéologie.
En 1978, suite à la donation Jean Matisse, la Ville de Nice veut procéder au réaménagement du musée afin de mieux mettre en valeur les collections tout en préservant le caractère intimiste de la donation initiale de Madame Henri Matisse.

La complexité des procédures, les travaux de fouilles sur le futur site et les recours, ralentirent considérablement la construction d’un nouveau musée d’archéologie qui ne fut achevé qu’en 1989. Le déménagement de ce-dernier sur le site romain voisin permit au Musée Matisse d’occuper la totalité de la villa.

A la suite d’un concours d’architecture organisé en 1987, Jean-François Bodin est choisi pour mettre en œuvre le réaménagement de la villa des Arènes et la réalisation de la nouvelle aile contemporaine.  Agrandi et rénové, le musée rouvre ses portes le 26 juin 1993. Par la suite, il se dotera en 2002 d’un atelier d’initiation artistique puis, en 2003, d’un cabinet des dessins, dédié à la conservation et gestion des œuvres d’art graphique.

En 2013, un nouvel aménagement du niveau -2 permit d’accueillir la donation de la céramique La Piscine.

Enfin, en 2017, le redéploiement des collections nécessite la mise en place d’un nouveau parcours muséographique ainsi qu’une rénovation du musée et de ses abords.